一、黑斑病：黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖呈现椭圆形褐色或深褐色斑驳，初为针尖状，扩展后直径达2-4毫米，边际规整，有时菌盖开裂。
防治办法：最重要的是操控好适合的温度和湿度。对菇房浇水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒。菇房内的湿度不宜长期超越90%，要看气候改变浇水，晴天浇水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不浇水。每次浇水后先加强通风，然后掩盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。发病后要及时将病菇去除，并喷洒每毫升100-200单位的农用链霉素或漂白粉600倍液。
二、锈斑病：锈斑病是由假单孢菌引起的病害。主要是浸染金针菇菌盖，初期为针头状，后扩展成芝麻粒巨细，边际虽不规整，但病斑之间可相互联组成不规则的大锈斑。
防治办法：为防备锈斑病的产生，对菇房浇水时不要直接洒向子实体，浇水后应及时通风，室内的空气相对湿度不要长期超越95%，菌袋外表掩盖地膜时要待子实体水分晒干后。发病初期，应避免病菌向健康子实体延伸，并用50%的多菌灵800倍液或每毫升含100-200单位的农用链霉素喷洒。
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